本发明公开了人RUNX2基因的shRNA及其重组干扰载体和应用，shRNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.2第5位至第52位所示，该序列能够干扰RUNX2基因表达，降低细胞成球能力、降低细胞克隆形成能力和降低细胞侵袭能力等，本发明公开的shRNA干扰RUNX2基因表达后还能降低转录因子Sox2，转录因子Oct4和转录因子Bmi1等干性转录因子表达，能延缓胃癌细胞侵袭转移，可以用于治疗胃癌的药物。