本发明涉及药物化学领域，具体公开了一种埃索美拉唑镁三水合物的制备方法。本发明的埃索美拉唑镁三水合物的制备方法，以奥美拉唑为起始原料，经过络合反应、拆分、水解、成盐从而获得埃索美拉唑镁的三水合物。本发明的制备方法，能显著提高埃索美拉唑镁三水合物的收率和纯度，而且反应步骤简单、环境友好，成本可控，适用于工业化规模生产。