本发明提供一种自动配药机的配药方法及系统，其中，所述方法包括如下步骤：S1、接收处方信息，并获取处方信息中各药剂的药剂名称及重量；S2、根据所述药剂名称逐一查询对应药剂所在配药容器的坐标；S3、根据所述坐标逐一将药杯移动到各药剂所在位置，并根据各药剂的重量，释放定量的各药剂进入药杯。本发明通过自动化控制完成药物的配药工作，配药效率高。