本发明涉及一种改良养殖水体环境的复合菌酶制剂及制备方法。所述复合菌酶制剂包含下列组分，其组分比例按重量份数计：取活性生物酶混合粉末35~45份，多功能微生物菌粉25~30份，膨润土25~40份，充分混合均匀，一起装入水溶性成品袋，即为复合菌酶制剂。本发明利用多种活性生物酶、多功能微生物菌株和载体，经合理复配并采用水溶性包装袋包装后直接投入养殖水体，可快速降解养殖环境中的蛋白质、脂肪等大分子有机物质，去除水质和底质环境中对养殖生物有害的成份，抑制病原微生物的生长繁殖，快速修复养殖水体生态环境，防止水体二次污染，为水产养殖生物营造一个良好的水体环境，提高养殖生物的产量和质量。