本发明属于医药技术领域。本发明提供了一种可注射的镶嵌含药微粒的多孔复合微球制剂，是以壳聚糖、胶原或白蛋白等亲水性材料包裹多肽、蛋白类药物或化学药物形成载药微粒，再用含药微粒和多孔微球材料同时构建具有3D多孔结构的微球，并将含药微粒镶嵌在多孔微球的内部。本发明还提供了上述多孔复合微球制剂的制备方法，以及在制备组织缺损修复材料中的应用。本发明的多孔复合微球制剂不仅能实现药物缓慢释放，而且有利于种子细胞的增殖和分化。