本发明涉及一种原生态生兽专用菌种养殖方法，该养殖方法包括以下步骤：用混凝土挖设一方形坑体（1），在方形坑体（1）一侧挖设一污水容纳池（2），在方形坑体（1）底部挖设排形通道（3），在两侧的排形通道（3）交汇处挖设一条汇流通道（4）；在排形通道（3）内填设有可更换的无机材料吸收体（5）；在方形坑体（1）上铺设吸附有好氧性微生物的有机性纤维材料（6）并踩实；再铺设一层有机性纤维材料（6）并踩实，在上述步骤⑤的基础上将中药防病剂和乳酸血清用水600倍稀释进行发酵5天后，在每平方米0.4公斤的用量浇入坑内，将兽即可放入饲养。本发明方法可对兽排泄的粪尿被活跃的微生物有效分解，使兽健康快速生长。