本发明涉及式(I)结构的大黄酸小檗碱离子对化合物及其制备方法，包括以下步骤：(1)将盐酸小檗碱制备成溶液，(2)向(1)所得溶液中加入大黄酸或大黄酸的碱金属盐，加热搅拌并充分反应；(3)将反应产物过滤、洗涤、精制、干燥即得。本发明还包括含有该离子对化合物的药物组合物，离子对化合物占组合物重量的0.1-99.9％。以及该离子对化合物及其组合物在制备治疗细菌感染、消化性溃疡、糖尿病、高血脂、肥胖症、关节炎、心力衰竭、心律失常、血小板聚集、高血压、肠粘连等药物中的应用。大黄酸小檗碱离子对化合物能增加大黄酸及小檗碱的脂溶性，显著提高生物利用度。