本发明涉及一种跑道式水产养殖水处理系统及其工艺方法，属于水产养殖设备技术领域，围绕鱼池的周边设置一段水处理池，所述水处理池从前往后依次为沉淀池、若干个相互串联的水处理仓及调节池。当鱼池水位上升溢流到水处理进水管，再流通至沉淀池，通过沉淀池翻水管，留入若干个多级串联的水处理仓，水流通过填料层过滤，最终都流入调节池内，启动循环泵，将调节池内的处理水打入鱼池内。所述跑道式水产养殖水处理系统充分利用鱼池间过道下的空间，节约了水处理设备占用空间，鱼池中的养殖污水到沉淀池间的距离短，水处理仓利用水位差自动翻水，降低了水处理成本，独立的水处理系统，能有效防止与其他养殖池的鱼病交叉感染，本系统简单、操作方便。