本发明涉及水处理技术领域，尤其涉及一种工厂化循环水养殖排放水脱氮装置及其脱氮工艺，向工厂化循环水养殖排放水脱氮装置的筒体中装填填料，再加入活性污泥和养殖排放水，挂膜启动，形成生物膜；从养殖水进水管中注入养殖排放水并搅拌，启动热交换器、开启曝气头，加热至水温为25-30℃，水体pH值调节至7-8，保持水体溶氧为2-3mg/L，水体停留时间为2-4小时，然后关闭搅拌器和曝气头，水体静置0.5-1小时，经过脱氮的水体从养殖水出水管中排放出。本发明适于含大量氨氮、硝酸根的工厂化循环水养殖排放废水的脱氮处理，能够显著降低水体氨氮和硝酸根浓度，大幅度减小工厂化循环水养殖排放水对环境的污染。