本发明涉及医药领域，具体涉及一种微乳液制备壳聚糖-阴离子多糖复合物纳米微球的方法，采用水/油微乳液中壳聚糖和阴离子多糖之间以静电相互作用形成复合多糖纳米微球，更具体地说，先制备壳聚糖微乳液和阴离子多糖微乳液，再将壳聚糖微乳液与阴离子多糖微乳液混合搅拌制得，其中壳聚糖微乳液的油相为柠檬烯。本发明提供一种壳聚糖与其他天然阴离子多糖形成的静电复合物纳米微球载体，该载体平均粒不超过300nm，粒径分布高度均一，该载体可用于口服蛋白质药物、基因药物、食品天然活性产物的肠道靶向输送。