本发明涉及一种细菌纤维素壳聚糖复合凝胶及其制备与体内治疗的应用，所述复合凝胶由壳聚糖溶液、细菌纤维素、抗菌剂、增稠剂溶液及中和剂组成。本发明的一种细菌纤维素/壳聚糖复合凝胶在制备痔疮药物中的应用。本发明的一种细菌纤维素/壳聚糖复合凝胶在制备妇科阴道炎、宫颈炎药物中的应用。制备方法包括：将壳聚糖溶液、增稠剂溶液、抗菌剂溶液及细菌纤维素混合均匀，然后静置，脱泡，即得。本发明的主要原料壳聚糖资源丰富，细菌纤维素/壳聚糖复合凝胶克服了常规高分子凝胶力学性能差、抗菌效果不稳定的缺点。