本发明公开了一种用于辅助降血糖的益生菌发酵中药复方组合物及其制备方法和应用，所述的益生菌发酵中药复方组合物以中药复方粉葛、山药、桑叶、枸杞子、马齿苋、干姜、苦荞麦、西洋参，甘草、蚕蛹、兽胰脏的提取物为发酵底物，经益生菌发酵后制得，该益生菌发酵中药复方组合物可用于制备治疗糖尿病的药物或保健食品或食品。本发明的益生菌发酵中药复方组合物具有口感易于接受，不刺激胃肠道，同时由于含有益生菌菌体及其代谢产物，能够调理胃肠道环境，增加了对药物的吸收，减轻了盐酸小檗碱对胃肠道的刺激。