本发明属于药物化合物技术领域，具体涉及一种海洋真菌来源的萘醌类化合物及其制备方法和应用。所述萘醌类化合物的结构如式（I）所示，该新化合物具有抑制癌细胞增殖的作用，可用于制备抗癌药物。本发明所述萘醌类化合物从一种海洋真菌木贼镰刀菌Fusarium？equisetai.SJ？0051中分离得到，海洋微生物种类繁多，数量庞大，从微生物提取的方法简单，步骤简便，使得萘醌类化合物来源丰富，成本低廉；对癌细胞抑制活性高，应用前景广阔。