本发明公开了一种聚合物模板的制作方法及其在有机场效应晶体管中的应用，属于有机电子学技术领域。首先将表面沉积有氧化铟锡的玻璃片清洗干净，然后依次在其上悬涂聚苯乙烯磺酸钠、聚苯乙烯或聚甲基丙烯酸甲酯和光刻胶，然后置于光刻掩模板下进行曝光和显影，得到图案化的源、漏电极，再进行清洗后修饰一层正十八烷基硅烷或氟代正十八烷基硅烷单分子层；最后将产物浸入水中，用带孔的金属模板将浮在水上的膜捞起烘干得到聚合物模板。本发明提供的聚合物模板的制作方法操作简便、成本低、处理温度相对较低；制备得到的聚合物模板可以循环使用。将得到的聚合物模板用在有机场效应晶体管中的过程中没有任何溶剂的参与，对半导体没有损害。