本发明提供了一种治疗扁平疣的中药组合物，由以下重量的药物制备而成：板蓝根40g、金钱草40g、大青叶40g、苡仁13g、紫草13g、桃仁7g、川芎7g、麦冬7g、生牡蛎40g、马齿苋30？g、当归尾12g、王不留行12g、丹参12g、柴胡10g、桑叶10g、连翘12g、白僵蚕10？g、苦参10g、木贼12g；本发明对扁平疣具有显著的疗效。