本发明提供了肠道病毒71型阜阳株及其减毒株的cDNA感染性克隆及应用，其是通过反向遗传操作技术构建的EV71型阜阳株及其减毒株的cDNA感染性克隆，为阐明EV71的致病机制，寻找EV71的毒力决定位点以及抗EV71病毒药物的研发和EV71疫苗的研发奠定了重要的基础。