本发明涉及一种提高半滑舌鳎养殖苗种雌鱼比例的方法，包括有1)雄性亲鱼的筛选：2)人工繁殖和家系建立：3)不同家系鱼苗的培育和雌雄比例的检测和4)高雌性、快速生长家系的培育和繁殖步骤。其中步骤1)所用的遗传标记为SChen-SSR2。本发明采用SChen-SSR2标记建立了半滑舌鳎遗传雌鱼和遗传雄鱼鉴定的方法，通过优质正常雄鱼繁殖后代或建立家系选育出高雌性比例的舌鳎家系，从而建立了提高半滑舌鳎养殖苗种中生理雌鱼比例的方法。本发明的方法解决了半滑舌鳎养殖业中普遍存在的养殖群体中生理雄鱼比例过高、生理雌鱼比例偏低的问题，对于半滑舌鳎优质苗种的规模化生产和养殖，提高养殖产量和经济效益，推动半滑舌鳎养殖产业的持续、快速发展，具有重要意义。