本发明提供了一种与原发性肝细胞性肝癌相关的klotho基因单核苷酸多态性、其构建方法及其应用。本发明具有如下技术效果：1）本发明所建立的方法可以简便快捷地检测位于人klotho基因外显子4区的单核苷酸多态性，诊断个体是否对原发性肝细胞肝癌具有易感性，从而有利于原发性肝细胞肝癌易感人群的筛查和原发性肝细胞肝癌的预防；2）利用rs648202的T等位位点作为药物设计靶点进行药物的筛选，筛选出能够调节klotho基因表达水平的活性分子，促进新的抗肿瘤药物的发现；3）利用本发明提供的引物序列和HaeIII核酸内切酶可以简便、高效、特异地检测出rs648202多态；4）利用原发性肝细胞性肝癌相关的klotho基因单核苷酸多态性，构建对原发性肝细胞肝癌进行遗传性诊断的试剂盒。