本发明公开了一种以氟唑菌酰胺和苯醚甲环唑为主要活性成分的杀菌组合物及其应用，属于复配农药技术领域。它以氟唑菌酰胺与苯醚甲环唑为主要有效成分，其中氟唑菌酰胺与苯醚甲环唑重量比为1~90：1~90，氟唑菌酰胺和苯醚甲环唑二者占组合物的质量百分含量为2~90%。该杀菌组合物在制备防治禾谷类、果树、蔬菜作物抗性植物真菌病害的药物上的应用，特别是在制备防治白粉病、灰霉病、菌核病、腐烂病、锈病、颍枯病、网斑病、霜霉病、稻瘟病、立枯病和黑星病的杀菌药物上的应用，尤其是在制备防治梨黑星病和黄瓜白粉病的杀菌药物上的应用具有显著的效果。与单剂相比，本发明组合物扩大防治谱，降低了生产和使用成本，克服和延缓了抗药性。