本发明提供了一种羽藻多糖在抗补体药物中的应用。所述羽藻多糖具有补体活性，所述羽藻多糖的应用是指具有补体活性的羽藻多糖在制备抗补体药物或/和抗补体保健品中的应用。本发明首次发现羽藻多糖对经典途径和旁路途径补体活性有显著的抑制作用，并公开了将羽藻多糖应用于制备抗补体药物和保健品，能够抑制补体系统的过度激活，从而对由于补体系统过度激活而导致的统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、急性呼吸窘迫综合征等多种疾病有一定的预防和治疗作用。