一种降低多粘菌素E发酵液中氨氮含量的方法，包括在多粘菌素E的发酵过程中通过滴加碱性物质来控制发酵液pH的步骤，关键是：所述的方法是在发酵开始后先后用氨水和氢氧化钠配合流加，以控制发酵液的pH，本发明的有益效果是，在发酵到一定时间，通过流加氢氧化钠溶液来代替氨水维持pH，不仅能够达到补充氮源和控制pH的目的，还能够使得使多粘菌素E发酵废液中氨氮的含量降低40%以上，从源头上减少了污水处理的难度，达到了多粘菌素E发酵的清洁生产要求。