本发明公开了一种荷负电微滤复合膜的制造方法，按如下步骤进行：（1）将聚醚砜溶于有机溶剂中，加入添加剂和荷负电试剂，充分搅拌溶解，过滤不溶物并静置后得到铸膜液；（2）将铸膜液流延到聚酯无纺布上，用刮刀刮膜，浸入凝固浴中成膜，获得聚醚砜微滤膜，然后，将此聚醚砜微滤膜浸于荷负电试剂溶液中浸泡取出干燥；（3）将步骤（2）中进行荷负电处理后的膜在交联剂溶液中交联，然后用去离子水洗到中性，得到荷负电微滤复合膜。同时，本发明提供了荷负电微滤复合膜在膜生物反应器中的应用。由于膜生物反应器中细菌和胶体表面均带负电，本发明制备的膜具有荷负电和良好的亲水性，不易被污染，无需经常清洗、稳定运行的水通量高，降低了污水处理成本。