本发明公开一种药用辅料生产废水的处理工艺，涉及药用辅料制造领域废水的处理。包括以下步骤：将废水排入调节池Ⅰ，微晶废水排入调节池Ⅱ；由泵提升调节池Ⅰ废水至混凝沉淀池Ⅰ，再进入芬顿催化氧化池反应；调节池Ⅱ废水同芬顿催化氧化池出水一起进入混凝沉淀池Ⅱ；混凝沉淀池Ⅱ出水同生活污水进入均质池混合均匀后进入水解酸化池，后进入中间水池，中间水池废水提升至EGSB反应塔，EGSB反应塔出水自流至生物接触氧化池，生物接触氧化池出水排至混凝沉淀池Ⅲ，混凝沉淀池Ⅲ出水至砂滤池，砂滤池出水至清水池达标排放。本发明药用辅料生产废水的处理工艺简单、能耗少、运行成本低；处理效果稳定、可靠；耐冲击负荷能力较强，COD去除率最高可达90%以上。