本发明公开了一种用于黑臭水体脱氮除磷复合菌的培育方法，包括（1）菌种样品采集，（2）扩增培养，（3）筛选驯化菌种和（4）纯化菌种等四个步骤，本发明首先在市政污水厂的活性污泥和黑臭水体底泥里筛选出具有脱氮除磷的土著微生物，用黑臭水体的污水作为主要的碳源与能量，再加入其他菌种生长所需的营养元素，通过驯化得到来自本土环境中的具有脱氮除磷的复合菌。本发明培养出的菌种具有增殖快，对黑臭水体的脱氮除磷效果明显等特点，使用本发明得到的复合菌处理黑臭水体既避免了使用化学净水剂的二次污染，也不需要担心菌种的安全性，处理效率也远高于种植水生植物。