本发明提供一种河流沟渠污水生态安全性净化方法，河流沟渠污水经过多级具备底部防渗、侧向能滤功能处理的污水基质砂滤植被池、底层厌氧、中层兼氧、表层好氧性潜流沟，以势/虹吸能等自然能为主，形成序贯流动的生态安全性净化单元，每一所述生态安全性净化单元由入口、污水基质砂滤植被池、底部潜流口、上层潜流口、出流口和植物须根表层平流面组成。本发明提供的河流沟渠污水生态安全性净化方法不产生活性污泥且可以实现原位资源性转化，改善生态环境质量，保护农田生态系统的健康，低成本，低能耗，自动运营，对气候变化中的固碳作用和吸收二氧化碳、改善小气候质量等有贡献，有利于生态环境的安全建设。