本发明公开了一种电化学废水处理系统及应用其进行废水处理的方法，所述系统由电反应塔以及设置于电反应塔的上部的气浮塔组成，电反应塔自下而上依次设置有分布区、FeC填料区、电极区、絮凝区以及导流区，所述电极区的下方设置有电极支撑梁，所述絮凝区的两端均设置有旋流板，气浮塔自下而上依次设置有滤水区、砂滤层、气浮分离区以及渣斗，渣斗的开口位于气浮分离区的上方，分布区连接有用于提供废水的进水泵，本发明的电化学废水处理系统，设备结构简单、占地面积小，安装操作简便，所需投资少；本发明的电化学废水处理方法，污水通过电反应塔完成氧化还原以及絮凝过程，通过气浮塔完成固液分离过程，工艺简单、处理效率高，废水处理成本低。