本发明公开了生物流化床驯化增殖反应器自然净化除臭工艺，包括：1)在污水处理厂增加一套生物流化床驯化增殖反应器自然净化除臭系统，将污水处理厂的部分活性污泥引入到系统，然后对反应器实施控制曝气使其处于缺氧状态，同时同步投加生物增殖营养素，通过反应器将活性污泥中的化能异养型及化能自养型微生物驯化、改质成特定的除臭优势菌群，并使其增殖；2)将驯化、改质增殖后的除臭优势菌群输送到污水处理厂各个构筑物处理单元进行同步自然除臭处理。本发明还公开了除臭设备。本发明流程简单，成本低，维护管理简单，采用事前控制，从源头上消除臭气产生的因素，所述能培养、驯化和改质得到除臭微生物优势菌群，能提高优势菌群活性及增殖其数量。