本发明公开了一种揭示异病同治分子机理的分析方法，用于分析不用疾病、相同治疗的分子机理，包括如下步骤：S1、构建不同疾病各自的蛋白质交互作用网络；S2、根据同治药物的化合物成分预测该同治药物中各化合物的潜在靶标，保留与所述疾病相关的基因对应靶标的化合物；S3、根据同治药物的化合物成分的潜在靶标在每一疾病的蛋白质交互作用网络中的分布对同治药物中各化合物进行聚类；S4、在所述聚类中的每个类簇中确定频繁出现的靶标组合；S5、对不同疾病的蛋白质交互作用网络中频繁出现的靶标对应的节点进行对比分析，以得到同治药物对所述至少两种疾病的分子机理。本发明能用于从分子层面对不同疾病的相同治疗原理的机理进行解释，特别有益于中医的异病同治理论在临床和中西医结合方面的运用和发展。