本发明涉及阿司匹林-埃索美拉唑复方肠溶微丸制剂及制备方法，由活性药物成分阿司匹林和埃索美拉唑及其他药学上可接受的辅料组成，阿司匹林和埃索美拉唑的质量比在3-6:1。此复方肠溶微丸有两种形式，其一是以阿司匹林微丸作含药丸芯，其外依次包隔离层Ⅰ、埃索美拉唑镁药物层、隔离层Ⅱ、肠溶衣层；其二是分别制备阿司匹林肠溶微丸和埃索美拉唑肠溶微丸，然后混合制得复方肠溶微丸。本发明的优点在于药物在肠道中释放，避免了药物在胃中酸性环境的破坏；复方制剂拮抗阿司匹林对胃肠刺激的副作用，以利于阿司匹林的长期用药，发挥其抑制血小板聚集的作用；采用微丸剂型释放药物，生物利用度高，血药浓度波动小，副作用更低。