本发明公开了一种防治仔兽大肠杆菌病的复方制剂及其制备方法。该复方制剂分为大袋药物和小袋药物两部分；小袋药物由黄藤素提取物、穿心莲提取物、痢菌净和淀粉采用等量递加稀释法制备而成，大袋药物为八面体蒙脱石。本发明根据仔兽黄白痢的发病特点，采取在发病急性期，先用小袋的抗菌药物发挥它的强效快速杀菌效果，治疗中后期，配合应用大袋的八面蒙脱石，不仅进一步彻底清除致病因子，而且修复、提高消化道粘膜屏障对攻击因子的防御功能，促进损伤的消化道粘膜上皮再生，维护消化道的正常生理功能。对仔兽大肠杆菌病的临床防治效果表明，该发明有效率达100%以上，治愈率达90%以上，明显优于单用西药或中药。