本发明公开了一种农村污水深度处理生化过滤一体化装置及运行方法：设有污水调节池、污水预处理池、生化池、生化过滤池、出水池和设备间，污水调节池设有出水泵与污水预处理池和生化池连通；生化池设有溢流口与生化过滤池相通；生化池底部设有排泥泵，生化池和生化过滤池底部设有与鼓风机连通的曝气管道和曝气头，生化过滤池中设有滤膜和反冲洗泵；并设有与所述泵和鼓风机控制连接的控制板。运行方法步骤：(1)进水；(2)生化池曝气；(3)生化池沉淀；(4)生化池进水生化过滤池曝气；(5)生化池曝气；(6)生化池沉淀；(7)生化池排泥；(8)生化过滤池反冲洗。本发明适用于农村污水处理，操作简便，可无人值守，费用低，能达到农村污水深度脱氮除磷的目的。