一种污水处理厂聚磷菌实时荧光定量PCR检测方法，属于污水生物处理技术领域。本发明以实际生活污水富集的聚磷菌作为标准品来源，菌群进化分支丰富。采用针对聚磷菌的关键功能基因——聚合磷酸盐激酶基因的特异性引物，获得了Ⅰ、ⅡA、ⅡB、ⅡC和ⅡD5个主要进化分支的标准品，并采用通用性好、成本较低的SYBR Green荧光染料法建立了5个主要进化分支的实时荧光定量PCR标准曲线。5条标准曲线的相关系数分别为1.000，0.998，0.999，0.999，0.998。扩增效率在90%到110%之间。利用建立的标准曲线对某污水处理系统中聚磷菌的不同进化分支进行定量检测。本发明经济、简便、可靠。