一种生产工艺中的衬底移出、移入系统及方法，该系统包括：一自动传送装置，用于自动传送储存衬底的卡匣；一手动传送装置，及一加工设备。加工设备包括：用于临时放置运来的卡匣的货口，一装载器，其具有一传感器；及一作业台，当卡匣置于货口上时，加工设备检查传感器是否接收到通讯开始信号，当接收到上述信号时，卡匣是通过自动传送装置传送的，以便设定加工设备为自动传送模式，当没有接收到信号时，卡匣是通过手动传送装置传送的，从而设定为手动传送模式。