本发明提供嵌入式系统加载程序与应用程序一体化更新方法，把用于完成启动、下载功能的程序合并作一块程序放在嵌入式操系统中的唯一一组FLASHROM中。当嵌入式操作系统和应用程序启动以后，下载功能程序同时启动并通过通讯接口接收传输来的程序数据完成更新备份应用程序。下载成功后，将备份应用程序激活，并将当前应用程序状态置为备份状态。最后系统复位加载新的应用程序运行。这样就允许只使用一组ROM存储器的嵌入系统可以完成开发生产阶段的一次烧录就完成程序更新工作。本方法操作简单，安全可靠。