一种具有认证功能的控制系统，目的是保护发明人所开发的程序以及设备，该控制系统包括一第一装置以及一第二装置；第一装置包括一执行程序以及一第一金钥，第一金钥具有信息加密与解密的功能，执行程序用以控制第一装置，第二装置透过一通讯接口与第一装置相连接；第二装置包含一控制程序以及一第二金钥，第二金钥具有信息加密与解密的功能，此外，第一金钥的加密信息必须利用第二金钥解密，且第二金钥的加密信息必须利用第一金钥解密，第一金钥以及第二金钥需同时搭配以符合认证，第一装置以及第二装置才能执行功能。