本发明公开了一种防篡改电动车控制器与电机之间的互识系统，在控制器部分增加电机识别通讯接口电路，在电机部分增加识别控制电路。控制器部分通过总线传送密钥给识别控制电路，识别控制电路收到密钥后回传确认信息到控制器部分，同时打开霍尔电源控制电路，将三相霍尔信号送到所述控制器部分，确定电机相位；所述控制器部分收到确认信息后转入正常工作状态，驱动电机。本系统可以防止电动车被买方随意篡改控制器或电机，增加安全性能，降低故障率，减少厂家的维修和管理成本。