本发明属于环保技术领域，具体涉及一种微生物净水剂的制备方法。该方法包括下述的步骤：准备混合物料和液体菌种，制得的混合料送入汽爆锅，封闭汽爆锅门；向汽爆锅内加入高压蒸汽，并将汽爆锅内的冷空气排出瞬间释放汽爆锅内的物料，并将汽爆后的物料送入密闭的发酵仓；汽爆后的物料送入发酵仓内后，液体菌种发酵；完成发酵后，出仓，装袋，制得成品。本发明采用了多种细菌相组合，混合发酵，生产出含菌量高而且能实现硝化、反硝化、降氮、除磷、去除水中的有机物等功效的净水剂，使其能达到良好的去除水中的氮、磷等富营养物质的同时，还能有效的抑制水体中的其它有害细菌，达到预防疾病、提高成活率的效果。