本发明公开了一种运动控制系统及其控制方法，所述系统包括用于产生控制信息的通用处理器，和用于响应所述控制信息并完成运动控制的运动控制器，其中，所述运动控制系统还包括一数据传输模块，所述数据传输模块连接所述运动控制器和通用处理器，用于传输所述通用处理器和所述运动控制器之间的数据信息；所述通用处理器、运动控制器和所述数据传输模块设置在同一电路板上。本发明通过使运动控制器和通用处理器之间通过专用的数据传输模块的实现直接通讯，避免了接插件连接带来的各种问题，提高了运动控制系统的稳定性和可靠性。