本发明提供一种二维跟踪转台电控系统数据在线调试系统及方法，解决了现有技术采取RS-232或RS-422速度传输缓慢、通讯查找能力有限、不能热插拔的问题。该系统包括内嵌有第三USB接口的微型控制器和计算机，微型控制器的数字或者模拟接口与二维跟踪转台连接，微型控制器的第三USB接口与计算机的第一USB接口通过USB数据线连接，微型控制器的JTAG接口与计算机的第二USB接口通过调试器连接。微型控制器采集二维跟踪转台产生的目标状态信息并通过自身的USB接口将目标状态信息传至计算机上；本发明安全、便携、易重复采用；高速、扩展灵活、设计整合性高；可热插拔；设计难度低；节省调试时间。