本发明公开了一种远洋船舶安全监测预警系统及其工作方法；所述系统包括用于探测一定范围内是否有人的红外探测器；内部人员持有、用于唯一识别内部人员的射频标签；连接射频标签和MPU，用于根据MPU的控制信息发送唤醒信号给射频标签以及获取射频标签编码信息的射频识别天线；嵌入式控制器；所述嵌入式控制器有多个，分别放置于船舶的不同位置，每一嵌入式控制器均包括FPGA和MPU；连接FPGA的通讯节点；连接网关的计算机；本发明通过将红外探测技术与射频识别技术相结合，可以准确区分内部人员和陌生人，可以弥补雷达监测预警系统存在的盲区问题，同时避免了夜间人工站岗的安全隐患。