本发明涉及半导体器件中的沟槽的制备领域，确切的说，涉及一种适用于图像传感器的具有不同深度的浅隔离沟槽结构的制备方法。在具有第一区域、第二区域的半导体衬底上形成厚度不同介质层，并形成厚介质层之中的第一类沟槽和形成薄介质层中的第二类沟槽，沿着第一类、第二类沟槽分别刻蚀第一区域、第二区域的衬底，分别形成位于第一区域、第二区域的衬底中的具有不同深度值的第一浅隔离沟槽和第二浅隔离沟槽。