本发明公开了基于Windows系统和网络传输的应用虚拟化实现方法及系统，该系统包括通过网络进行通信的应用接收模块和应用采集模块，所述应用接收模块包括彼此双向通信的应用终端和虚拟应用调度服务器，所述应用采集模块包括彼此双向通信的存储服务器和应用运行服务器。本发明公开的方法实现了应用列表的交互、应用启动与展示的交互和用户输入事件的交互。本发明摆脱了Windows系统会话的依赖和限制，完全采用独立自主的技术框架和通讯协议，降低了额外的系统资源消耗，提高了应用处理的效率，增强了虚拟应用交付的体验效果。