本发明涉及一种天然药物组合物、其制备方法及其在制备癌症化疗中减毒增效药物中的用途，该天然药物组合物由山楂荜茇水煎浓缩提取物、山楂总黄酮、荜茇乙醇提取物与胡椒碱按2-7∶1-5∶3-4∶3-9的比例组成，该组合物对由癌症化疗相关性腹泻有极好的疗效并能同时对癌症化疗起增效作用。