本发明公开了一种基于.Net虚拟机的软件保护系统及方法，所述系统包括处理设备和软件保护装置；所述处理设备包括向导模块、集成开发模块和主机端微型框架模块，所述软件保护装置包括管理模块、接口模块、运行模块、函数库模块和加载模块。所述方法包括保护被保护软件中核心代码和运行被保护软件。所述保护被保护软件中核心代码具体包括用户根据向导建立的工程选择编程语言开发被保护软件并调试运行，将被保护软件的核心代码写入软件保护装置后从被保护软件中删除，并编写被保护软件与软件保护装置的通讯代码；所述运行被保护软件具体包括被保护软件运行后主机到通讯代码处访问软件保护装置，运行结果返回主机后主机继续运行被保护软件。