本发明提供一种系统初始化方法及应用其的显示系统。显示系统包括第一及第二显示器，其与资料通讯介面耦接。系统初始化方法包括下列步骤。在第一操作期间中非致能第二显示器。在第一操作期间中致能第一显示器，并经由资料通讯介面提供第一设定资料至第一显示器，以设定第一显示器对应至第一身份组态。在第二操作期间中非致能第一显示器。在第二操作期间中致能第二显示器，并经由资料通讯介面提供第二设定资料至第二显示器，以设定第二显示器对应至第二身份组态。第一及第二操作期间彼此错开。通过本发明，可自动化地完成显示系统中各显示器的系统初始化。