本发明公开一种基于嵌入式CPU的双机冗余容错系统，包括基板、第一CPU模块和第二CPU模块、第一输出切换模块、第二输出切换模块和通讯模块。第一CPU模块、第二CPU模块、第一输出切换模块、第二输出切换模块和通讯模块安装在基板上并且通过通讯模块与上位机通讯，第一CPU模块和第二CPU模块完成传感器的数据采集，然后进行数据处理及运算，最后将结果经由第一输出切换模块或第二输出切换模块输出，驱动执行模块工作。本发明解决了传统双机冗余容错系统存在的单点故障问题，在系统发生一度故障模式下仍能通过切换到冗余备份设备，使系统保持正常工作状态。本发明提供的双机冗余容错系统切换方法简单，总体可靠性高，选用部件结构简化，性价比高。