本发明提供了一种基于GPS导航的无人机施药作业自动控制系统及方法，属于农业技术领域。飞行控制主机的主通讯端与GPS通讯连接，其主控制输出端接旋翼飞行系统的受控端，用以根据预定航线和GPS传来的实时位置信息向飞行系统发出导航控制信号；无人直升机上还装有由药箱、液泵、喷杆及喷头组成的施药装置，以及施药控制系统，施药控制系统包括主控制电路、通讯模块、反馈模块、信号处理模块及电力变送模块；主控制电路通过通讯模块将施药系统状态信息反馈给飞行控制主机；信号处理模块将主控制电路发出的施药控制信号放大成电信号，控制液泵进行施药操作。该系统及方法可以借助GPS控制无人直升机按照预定航线飞行，且按预定的GPS航路实施喷洒任务。