本发明涉及智能运输车密封门控制系统，包括内置无线通讯单元的控制中心模块，其与含有第一无线通讯模块的维护门控制模块、含有第二无线通讯模块的对接门控制模块和含有第三无线通讯模块的双密封门开/关控制模块相互之间无线通讯，维护门控制模块安装在维护门上，对接门控制模块安装在对接门上，双密封门开/关控制模块安装在运输车内。本发明还公开了智能运输车密封门控制系统的控制方法。本发明实现了维护门既能自动密封真空室，又能在维护作业时自动与对接门连接并移动，从而打开真空室，与运输车连通密封，在作业完成后维护门重新密封真空室并与对接门脱离，解决了目前维护门无法单独密封真空室的问题，提高了双密封门的智能化和可靠性。