本发明提供一种基于软硬架构的高端容错计算机FPGA专用调试方法及其装置，涉及高端计算机设计领域。通过上位机软件平台控制FPGA的调试逻辑得到需要的调试信息，并且逻辑功能可配置，抓取信息可在软件中动态显示。FPGA的调试逻辑根据上位机软件配置将需要抓取的信号组织成特定格式，存储到FPGA内部RAM中，调试逻辑的接口部分将数据打包成通讯协议规定的数据包，发送到USB接口。上位机软件接收到调试逻辑发送的数据包进行解包，存储到MySQL数据库中，同时动态显示到软件的界面。软硬件通讯按照专用的通讯协议进行通讯。得到比逻辑分析仪更好的分析效果，并且大大提高系统的可用性，降低调试风险。