本发明公开了一种通过不受信任的通讯渠道对智能卡安装应用的方法和初始化方法，保障在应用下载安装和初始化过程中数据的完整、保密和不可复制。其技术方案为：该方法包括：a.智能卡记录由第三方机构写入的一个第一应用和第一密钥；b.智能卡接收服务提供者编号，由该第一应用将该编号与该第一密钥通过不可逆算法计算出服务提供者密钥，并将其发还给该服务提供者；c.该智能卡上的第一应用与该服务提供者相互认证并建立安全通信通道；d.该智能卡接收加密后的应用安全命令数据；e.该智能卡上的该第一应用解密该应用安全命令数据，并将其发送给该智能卡上的操作系统；f.由该操作系统创建对应该服务提供者的新的应用。本发明应用于智能卡领域。